顧名思義雙開門殺菌鍋就是兩側開門的殺菌鍋。常規的殺菌鍋都是一側開門的，生的物料，或者說沒有殺菌的物料都是從殺菌鍋前端推進殺菌鍋，殺菌完畢還是從殺菌鍋的前端出來。
很多產品殺菌前后從感官上是看不出來的，比如說飲料。為了杜絕在周轉過程中沒有殺菌的產品被誤判成殺過菌的產品流入下一個環節，有些用戶選用雙開門的殺菌鍋。沒有殺菌的產品只能從前門進，殺過菌的產品只能從后門出，中間用墻間隔開，作為生熟料的分界線。
雙開門的殺菌鍋還有一個功能，就是讓殺菌工作實現自動流水線作業。裝好筐的產品沿著輸送線進到殺菌鍋內，殺完菌后產品從后門出鍋沿著流水線進入卸籠機。流水線作業大大提高自動化程度。
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